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E sulla loro scia, innumerevoli mondi paralleli scompaiono, uno dopo l'altro.
Gli angeli e i demoni sopravvissuti si radunano nella città che ritengono rappresenti la loro ultima possibilità di salvezza: il purgatorio galleggiante di "Tokyo Babel".
Insieme agli umani, intraprendono un pellegrinaggio attraverso i sette strati di Babele, nella speranza di salire la scala di Giacobbe e riaprire le porte del Paradiso.
Il loro viaggio sarebbe stato un'espiazione verso i cieli.
Eppure, i loro piani vanno in fumo quando un gruppo di pellegrini, con la mente consumata dalla follia, decide di dominare i numerosi strati della Babele di Tokyo con l'intenzione di scatenare il caos più assoluto in cima al purgatorio galleggiante. 
In mezzo a questa situazione di stallo senza fine, un giovane solitario viene salvato dalle rovine del suo mondo devastato: Tendou Setsuna, un uomo a cui fin dalla nascita è stato negato il trattamento umano.
Unendosi alla sua salvatrice, Lilith, conosciuta come la Strega della Notte, inizia il suo viaggio attraverso Tokyo Babel...
...desiderando ardentemente una risposta a una sola domanda:
Perché ha ancora la volontà di continuare a vivere.
