O Dr. Eggman (também conhecido por Dr. Robotnik) descobre aves estranhas conhecidas como Flickies que podem transportar-se para qualquer lugar utilizando Anéis Dimensionais.
Conseguindo capturar os Flickies, Robotnik transforma-os todos em robôs para o ajudar a encontrar as Chaos Emeralds. O Sonic tem de salvar os Flickies, libertando-os da sua prisão robótica e impedir Robotnik de encontrar as Chaos Emeralds.