Total War: SHOGUN 2 - Zmierzch Samurajów skupia się na konflikcie pomiędzy zwolennikami cesarza, a ostatnim siogunatem. Nowa kampania, bazująca na wydarzeniach związanych z okresem wojny domowej Boshin, rozpoczyna się w 1864 roku, a jej kres twórcy przewidzieli na rok 1870. To czas starcia tradycyjnej kultury siogunów z nowoczesną armią wykorzystującą broń palną. Zadaniem gracza jest wprowadzenie Japonii w erę nowoczesności. Twórcy zapewnili możliwość rozegrania 4 całkowicie nowych bitew historycznych, opartych na dramatycznych starciach z czasów wojny domowej Boshin.
Do naszej dyspozycji oddano 6 nowych grywalnych rodów. Trzy z nich (Aizu, Nagaoka, Jozai) są poplecznikami ostatniego siogunatu, a druga połowa (Choshu, Satsuma, Tosa) popiera cesarza. Trzy kolejne frakcje (Saga, Obama oraz Saga) przeznaczono jako dodatki DLC. Znaczącą rolę podczas wojny domowej odgrywają też zagraniczne mocarstwa. Relacje z Amerykanami, Brytyjczykami i Francuzami bezpośrednio wpływają na możliwości rekrutowania jednostek i potencjał rozwoju technologicznego.
EdycjaLimited zawiera zestaw frakcji Saga "Cesarska przewaga" - wprowadzający nowy, unikalny klan. Setki lat wymiany handlowej z obcymi dały ludowi Saga umiejętność zrozumienia tego, co nowoczesne i zagraniczne. Dzięki temu znacznie szybciej przyswaja on nowe zdobycze techniki wojskowej.